Convenience is to provide a high control device and an endoscope system for the user. The control device 6, at least between the endoscope and the switch information representing the number of switches provided in the endoscope 2 from the mirror 2, the endoscope 2 that is executable functions and the endoscope 2 is not possible executive function an acquiring unit 661 for acquiring identification information including the function information indicating either one, setting information recording unit for recording the setting information assigned a predetermined function for each of the endoscope 2 switches connected to the control unit 6 and 641, are output from each of the plurality of switches based on the setting information, provided in the endoscope 2 connected to a control device 6 for acquiring section 661 acquired identification information and the setting information recording unit 641 records provided that a setting unit 662 to generate the function setting information set by assigning a function to be executed in response to the signal, the.使用者にとって利便性が高い制御装置および内視鏡システムを提供する。制御装置6は、内視鏡2から内視鏡2に設けられたスイッチの数を表すスイッチ情報と、内視鏡2が実行可能な機能と内視鏡2が実行不可能な機能との少なくともいずれか一方を表す機能情報とを含む識別情報を取得する取得部661と、制御装置6に接続される内視鏡2のスイッチ毎に所定の機能を割り当てた設定情報を記録する設定情報記録部641と、取得部661が取得した識別情報と設定情報記録部641が記録する設定情報とに基づいて、制御装置6に接続された内視鏡2に設けられた複数のスイッチの各々から出力される信号に応じて実行する機能を割り当てて設定した機能設定情報を生成する設定部662と、を備える。
