PURPOSE: A multi-stage water culture system, and a controlling method thereof are provided to smoothly supply a culture solution to laminated culture beds by laminating the culture beds into multiple stages. CONSTITUTION: A multi-stage water culture system comprises the following: a transfer rail(200) located on the bottom of a culture house; plural carriages(300) with culture beds, located on the transfer rail; a transfer unit(400) transferring the carriages to the forward/backward direction; a multi-stage lamination unit laminating the carriages; and a culture solution vertical supplying unit(700) supplying a culture solution to each culture beds.본 발명은 필요시 공간 이용을 최소화시켜 연료 및 전력 소모를 줄일 수 있도록 재배 베드를 다단으로 적층시킬 수 있음과 함께 재배액을 적층된 재배 베드에 원활하게 공급할 수 있는 다단 적층 타입의 수경 재배 시스템 및 이의 제어 방법을 제공하는 것이 그 기술적 과제이다. 이를 위해, 본 발명의 다단 적층 타입의 수경 재배 시스템은 재배 하우스의 바닥에 구비되는 이송용 레일과, 이송용 레일에 이동 가능하게 구비되며 그 상부에 각각 재배 베드가 구비되는 복수개의 이송 대차와, 복수개의 이송 대차를 전/후 방향으로 이송시키는 이송 유닛과, 이송 유닛에 의해 복수개의 이송 대차가 후방으로 이송되는 동안 복수개의 이송 대차 각각을 다단으로 적층시키는 다단 적층 유닛과, 그리고 다단 적층 유닛에 의해 다단 적층된 복수개의 이송 대차의 각 재배 베드에 재배액을 공급하는 재배액 수직 공급 유닛을 포함한다.