The present invention provides a control box for a handpiece which is suitable for minimizing a process of finding a desired rotational speed per minute (the number of rotations or rpm) before stopping a motor, and a driving method thereof. The control box for a handpiece comprises: a rotation encoder outputting two pulses according to a predetermined time for adjusting an output of the motor of a handpiece, and outputting an electric switching signal after the predetermined time for stopping or driving the motor; and a micro controller unit outputting a first electric signal which corresponds to the number of rotations of the motor according to pulse cycle increase by receiving the two pulses and a second electric signal which corresponds to the stopping or the driving of the motor by receiving the electric switching signal, from the rotation encoder.COPYRIGHT KIPO 2018본 발명은, 핸드피스의 모터의 출력 조정을 위해 두 개의 펄스를 소정 시간을 따라 출력하고, 모터의 정지 또는 구동을 위해 소정 시간 다음에 전기 스위칭 신호를 출력하는 회전 엔코더; 회전 엔코더로부터, 두 개의 펄스를 입력받아 펄스 주기 증가에 따라 모터의 회전수에 대응되는 제1 전기신호를 그리고 전기 스위칭 신호를 입력받아 모터의 정지 또는 구동에 대응되는 제2 전기 신호를 핸드피스에 출력하는 마이크로 컨트롤러 유닛을 포함한다.