An apparatus and method of preparing polymer microspheres are provided. The method includes the step of injecting a solution of a biocompatible water-soluble polymer having a high molecular weight through a nozzle with the pressure ranging from 0.5bar to 15bar to form droplets, freezing the droplets by contacting the droplets with a liquefied gas to form frozen particles removing the liquefied gas and performing freeze-drying of the frozen particles under the temperature ranging from -70° C to -1° C and the pressure of ltorr or less.본 발명은 고분자 마이크로스피어를 제조하는 방법 및 장치에 관한 것으로, 생체적합성 수용성 고분자 용액을 노즐을 통해 일정한 압력으로 분사하여 액적을 형성하는 단계 형성된 액적을 액화기체와 접촉시켜 동결 입자를 형성시키는 단계 및 액화기체를 제거하고 상기 동결 입자를 동결건조하여, 고분자 마이크로스피어를 제조하는 단계를 포함한다. 본 발명은 유기용매를 이용하지 않고, 물에 녹는 수용성 고분자를 이용하여 저온에서 수행하는 것을 특징으로 한다.