The present invention relates to a peptide for targeting mitochondria, a recombinant vector including the peptide, a method for moving target proteins to mitochondria in order to be distributed using the same, and to a pharmaceutical composition for preventing or treating diseases accompanying mitochondria hypofunction using the same. An amino acid sequence of sequence number 1 in the present invention is targeted to mitochondria so that a peptide including the same can move and distribute a material (compound, protein, gene) exhibiting pharmacological activities in mitochondria. Moreover, the peptide having the amino acid sequence of sequence number 1 serves as a target sequence for moving a particular material to mitochondria. Accordingly, when a composite is produced by binding the peptide with a pharmacologically active material (compound, protein, gene), the pharmacologically active material can be moved to mitochondria in order to directly act therein so that diseases related to mitochondria hypofunction can be prevented or treated using the same.본 발명은 미토콘드리아 타겟팅용 펩타이드, 상기 펩타이드를 포함하는 재조합 벡터, 이를 이용한 목적 단백질을 미토콘드리아로 이동 및 분포시키는 방법 및 이를 이용한 미토콘드리아 기능부전(기능이상)을 동반하는 질환의 예방 또는 치료용 약제학적 조성물에 관한 것이다. 본 발명의 서열번호 1의 아미노산 서열은 미토콘드리아로 타겟팅되는 특징을 가지므로, 이를 포함하는 펩타이드는 약리학적으로 활성을 나타내는 물질(화합물, 단백질, 유전자)을 미토콘드리아로 이동 및 분포시킬 수 있다. 또한 서열번호 1의 아미노산 서열을 갖는 펩타이드는 특정 물질을 미토콘드리아로 이동시키는 표적서열로 작용하므로, 이러한 펩타이드를 약리학적으로 활성을 나타내는 물질(화합물, 단백질, 유전자)과 결합하여 복합체를 형성하는 경우, 약리학적으로 활성을 나타내는 물질이 미토콘드리아로 이동하여 직접적으로 작용할 수 있으므로, 미토콘드리아 기능부전과 관련된 질환의 예방 또는 치료에 있어서 유용하게 사용될 수 있다.