本发明提供了一种美洲短吻鳄Cathelicidin-AM抗菌肽、编码该抗菌肽的多核苷酸以及该抗菌肽的用途。该抗菌肽是含有SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列。编码该抗菌肽的多核苷酸是含有编码SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列的核苷酸序列或者其互补序列。该抗菌肽对多种细菌有明显的抑制作用,对大肠埃希氏菌(CMCC44102)、大肠埃希氏菌(ATCC25922)、鼠伤寒沙门菌(CMCC50115)的最小抑菌浓度(MIC)达到了62.5μg/mL。该抗菌肽可以用于制备如饲料添加剂、防腐剂、农用生物防治剂、控制微生物感染的治疗药物组合物等。