本发明公开了一种带有分子标记的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2)毒株PCV2/PE,保藏号是:CGMCC No.1617,还涉及该毒株的应用。本发明以临床分离的猪圆环病毒2型为材料,利用PCR法扩增病毒基因组,将2个基因组顺式连接插入到质粒载体中构建感染性分子克隆,通过引物设计替换碱基,在病毒基因组内插入SalI限制性内切酶位点作为遗传标记,经重组质粒转染细胞获得带有遗传标记的新毒株。本发明毒株经过细胞传代培育,病毒的繁殖能力显著提高,具备疫苗种毒的基本要求。本发明毒株具有特有的遗传标记,可与亲本野生型病毒相鉴别,在建立动物感染模型,探讨猪圆环病毒的致病机理、分子诊断及疫苗免疫效力的评价等方面均有重要的应用价值。