The present invention provides a method for manufacturing a carbon nanotube-based anti-cancer agent and an anti-cancer agent manufactured thereby. The method comprises the steps of: (a) transforming the surface of multi-wall nanotubes into a carboxyl group (b) bonding an EDC (N-(3-Dimethylaminopropyl)-N-ethylcarbodiimide hydrochloride) linker to the carboxylized multi-wall carbon nanotubes in pH 5.2-5.5 and (c) bonding the multi-wall carbon nanotubes to which the EDC linker is bonded with the anti-cancer agent in pH 5.9-6.2, thereby providing the anti-cancer agent that can overcome cancer drug resistance.본 발명은 암 내성을 극복할 수 있는 항암제를 제공하기 위하여, (a) 다중벽 탄소나노튜브의 표면을 카복실기로 개질시키는 단계 (b) 상기 카복실화된 다중벽 탄소나노튜브를 pH 5.2~5.5의 조건에서 EDC(N-(3-Dimethylaminopropyl)-N-ethylcarbodiimide hydrochloride) 링커를 결합하는 단계 및 (c) 상기 EDC 링커가 결합된 다중벽 탄소나노튜브를 pH 5.9~6.2의 조건에서 항암제와 결합시키는 단계를 포함하는, 탄소나노튜브 기반의 항암제의 제조방법 및 이를 이용하여 제조된 항암제를 제공한다.