In some embodiments, the invention relates to methods for creating a monoclonal antibody that specifically binds to antigen. The method may start from a polyclonal population of antibodies such as a non-specific polyclonal population or a polyclonal population of antibodies that specifically bind to the antigen. The method includes obtaining nucleic acid molecules encoding heavy and light immunoglobulin chains (or variable regions thereof) of multiple immunoglobulins from an animal； obtaining mass spectra information of peptide fragments of a population of polyclonal immunoglobulins that specifically bind to an antigen of choice； comparing and/or correlating the mass spectra information of the peptide fragments of the polyclonal immunoglobulins with predicted mass spectra information of predicted amino acid sequences encoded by the nucleic acid molecules, and then assembling the heavy and light chains to create an antibody (or variable region thereof) that specifically binds to the antigen.いくつかの実施態様において、本発明は、抗原に特異的に結合するモノクローナル抗体を作製する方法に関する。本方法は、抗体のポリクローナル集団、例えば非特異的ポリクローナル集団または抗原に特異的に結合する抗体のポリクローナル集団から開始してもよい。本方法は、動物からの多数の免疫グロブリンの重鎖および軽鎖免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）をコードする核酸分子を得ること；選択抗原に特異的に結合するポリクローナル免疫グロブリンの集団のペプチド断片の質量スペクトル情報を得ること；ポリクローナル免疫グロブリンのペプチド断片の質量スペクトル情報を、核酸分子によってコードされた予測アミノ酸配列の予測質量スペクトル情報と関連づけるおよび／または比較すること、ならびに次いで重鎖と軽鎖とをアセンブリングして抗原に特異的に結合する抗体（またはその可変領域）を作製することを含む。
