A process and system for sterilization of a product pathway of a blow-fill-seal machine. The process comprises steps of: (1) isolating a holding tank from the product pathway; (2) supplying a sterilizing agent to the product pathway of the BFS machine when the holding tank is isolated; (3) stopping the supply of sterilizing agent to the product pathway when a threshold is reached; and (4) supplying filtered compressed air to the product pathway when the supply of sterilizing agent is stopped. The process is preferably executed automatically without human intervention once initiated. Also described is a system for carrying out the process including a processor, valves and temperature and/or pressure sensors which provide information to the processor to determine when to open and close the valves to supply sterilizing agent and/or compressed air to the product pathway or holding tank.L'invention porte sur un procédé et un système de stérilisation d'une voie de produit d'une machine de formage-remplissage-scellage (BSF). Le procédé consiste à : (1) isoler une cuve de rétention de la voie de produit; (2) à fournir un agent de stérilisation à la voie de produit de la machine BFS lorsque la cuve de rétention est isolée; (3) à arrêter la fourniture de l'agent de stérilisation à la voie de produit lorsque un seuil est atteint; et (4) à fournir de l'air comprimé filtré à la voie de produit lorsque la fourniture de l'agent de stérilisation est arrêté. Le procédé est de préférence exécuté automatiquement sans intervention humaine une fois lancé. L'invention concerne également un système pour la mise en œuvre du procédé comprenant un processeur, des soupapes et des capteurs de température et/ou de pression qui fournissent des informations au processeur pour déterminer à quel moment ouvrir et fermer les vannes afin de fournir de l'agent de stérilisation et/ou de l'air comprimé à la voie de produit ou à la cuve de rétention.