PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a medical image processor for generating an image in which a color difference between an abnormal part such as an atrophic part where the gastric mucosa is atrophied, and a normal part is emphasized, and operation method thereof, and endoscope system.SOLUTION: The medical image processor inputs a first RGB image signal, acquires color difference signals Cr and Cb from the first RGB image signal, performs, in a feature space formed of the color difference signals Cr and Cb, first processing to transfer coordinates of a second range to a reference range including an original point, with coordinates of first and third ranges retained there, and performs second processing to transfer the coordinates of the first range and the coordinates of the third range so as to separate the coordinates of the first range and the coordinates of the third range from each other.COPYRIGHT: (C)2016,JPO&INPIT【課題】胃粘膜が萎縮した萎縮部などの異常部と、正常部との色の差を強調した画像を生成する医用画像処理装置及びその作動方法並びに内視鏡システムを提供する。【解決手段】第1RGB画像信号を入力する。第1RGB画像信号から色差信号Cr、Cbを求める。色差信号Cr、Cbから形成される特徴空間において、第1及び第3範囲の座標を維持した状態で、第2範囲の座標を、原点を含む基準範囲に移動するように処理する第1処理を行う。第1範囲の座標と第3範囲の座標とを互いには離れさせるために、第1範囲の座標と第3範囲の座標を移動するように処理する第2処理を行う。【選択図】図18