本发明公开了一种水稻抗白叶枯抗性相关基因、蛋白及其用途。同时公开了RIX-4基因交替剪接所产生的多个转录本多核苷酸序列以及其相应的开放读码框序列。这些序列具有SEQ ID NO.1~10所示的多核苷酸序列。这些cDNA片段与水稻抗白叶枯病紧密相关。本发明还提供含有编码RIX-4基因的多核苷酸的重组载体和基因工程化宿主细胞,提供克隆RIX-4基因的方法,提供RIX-4基因的染色体定位。RIX-4基因在亲本中以1~2拷贝存在,位于第八号染色体着丝粒附近,且在中国水稻研究所国家水稻改良中心构建的珍汕97B/密阳46、协青早B/密阳46和中156/谷梅2号的F8重组自交系群体亲本的一个公共标记RM210B附近。本发明的多核苷酸和/或蛋白或多肽可作为探针分子,用于诊断抗病和/或感病或其他由于RIX-4基因表达异常所引起的抗病性或感病性。