本发明公开了一种新的重组赤羽病毒核衣壳蛋白、编码该重组蛋白基因以及该重组蛋白的制备方法。本发明重组蛋白具有SEQ ID No:1所示的氨基酸序列,编码该重组赤羽病毒核衣壳蛋白基因具有SEQ ID No:2所示的核苷酸序列。本发明重组蛋白的制备方法包括以下步骤:构建重组赤羽病毒核衣壳蛋白基因原核表达载体;用重组赤羽病毒核衣壳蛋白基因原核表达载体转化大肠杆菌;用IPTG诱导重组核衣壳蛋白表达,回收并纯化所表达的重组核衣壳蛋白。本发明重组赤羽病毒核衣壳蛋白能够在大肠杆菌中高效表达,所表达的重组蛋白具有高免疫学活性和高敏感性,利用该重组赤羽病毒核衣壳蛋白制备成的抗血清,采用间接荧光抗体法可以快速、准确的检测出组织中的赤羽病毒抗原。