The present invention is made in Perilla extract containing omega-3 fatty acids to extract the fatty acids as omega-3 fatty acids in powder form of Perilla is left after milking the sesame oil in a powdery raw material to take advantage of Perilla as a health food It relates to a method. In accordance with a preferred embodiment of the present invention, a powdery Perilla being performed is milked and leave from Perilla material in particulate (powder) Washing (choice), and grinding the washed powder Perilla into flakes (Flake) of a predetermined size, appyeon and the porous screen and dried to the perilla flakes and by supplying a solvent of N-Hexane in that the porous flakes perilla extract the holding components including the essential fatty acids of the omega-3 component as a perilla extract, and purification (talgeom, deoxidation, decolorization, deodorization) for holding ingredients, and packaging efficiency by increasing the perilla extract containing a high quality omega-3 at a low cost components can be produced in large quantities.본 발명은 분말상의 들깨원료에서 들깨유를 착유하고나서 남겨지는 분말상의 들깨박에서 필수지방산으로서의 오메가-3 지방산을 추출하여 건강기능식품으로서 활용할 수 있도록 하기 위한 오메가-3 지방산을 함유하는 들깨추출물 제조방법에 관한 것이다.본 발명의 바람직한 실시예에 따르면, 입자상(분말상)의 들깨원료에서 착유가 행해지고 남겨지는 분말상의 들깨박을 세척(정선)하고, 그 세척된 분말들깨박을 분쇄하여 소정 크기의 플레이크(Flake)로 압편하며, 그 들깨박 플레이크를 건조시켜 다공질화하고, 그 다공질화된 들깨박 플레이크에 N-Hexane의 용매를 공급하여 필수지방산인 오메가-3성분을 포함하는 유지성분을 들깨추출물로서 추출하며, 그 유지성분에 대해 정제(탈검, 탈산, 탈색, 탈취)하고 포장함으로써 고품질의 오메가-3성분을 포함하는 들깨추출물을 저비용으로 효율성 높게 대량으로 제조할 수 있게 된다.