When diagnosing a lesion or the like by performing recognition processing such as AI (Artificial Intelligence), a medical image processing apparatus, an endoscope system, and a medical image processing apparatus that can increase the reliability of the recognition result obtained by the recognition processing. An operation method of an image processing apparatus is provided. The first medical image (80) is compared with a second medical image to be compared with the first medical image (80). A specific medical image (82) selected from the second medical images according to the result of the comparison is acquired. The monitor displays a plurality of recognition results (84) obtained from recognition processing for recognizing an observation target, which is processing performed on a specific medical image (82).AI（Artificial Intelligence）などの認識処理によって、病変部などの診断を行う場合において、認識処理で得られた認識結果に対する信頼性を高めることができる医療用画像処理装置及び内視鏡システム並びに医療用画像処理装置の作動方法を提供する。 第１の医用画像（８０）と、第１の医用画像（８０）に対して比較対象となる第２の医用画像とを比較を行う。第２の医用画像のうち、比較の結果に従って選択される特定の医用画像（８２）を取得する。モニタは、特定の医用画像（８２）に対して施される処理であって観察対象を認識するための認識処理から得られる認識結果（８４）を複数表示する。
