The invention discloses advantageous processes for the separation and purification of phosphatidylserine (PS) from serine, PC and PLD remaining in a medium in which a transphosphatidylation reaction has taken place.R1과 R2가 독립적으로 포화된, 모노-불포화된 또는 폴리불포화된(polyunsaturated) 아실 C10-C30을 나타내고, X는 OH 또는 M이 알칼리 금속 또는 알칼리 토금속, 암모늄, 알킬암모늄(분자 내 염(inner salt)을 포함)인 OM인 하기 식의 포스파티딜세린의 제조 방법으로,상기 제조 방법은 R1, R2 및 X가 상기 특정된 의미를 갖고, R3이 CH2-CH2-NH2 o CH2-CH2-N+(CH3)3인 하기 일반식의 포스파티딜콜린과, D, L 또는 라세미체 형태로 된 세린 사이의 포스포리파제 D(phospholipase D, PLD) 효소에 의해 촉매되는 트랜스포스파티딜화(transphosphatidylation) 반응을 포함하는 제조 방법으로서, 상기 반응은 지방족 알코올을 포함하는 히드로알코올성 매질(hydroalcoholic medium)에서 2가(bivalent) 금속 산화물 존재 하에서 수행되는 것을 특징으로 하는 제조 방법.