本发明属于辣椒育种技术领域,具体公开了一种辣椒花粉发育相关基因CaMS1及其应用。所述基因CaMS1的核苷酸序列如SEQ ID NO:1~2 所示,该基因CaMS1编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:3 所示,且该基因可有效应用于花粉败育或制备雄性不育辣椒材料中。本发明提供了一种新的辣椒花粉发育相关基因CaMS1,通过RT-PCR和qRT-PCR表达分析,确定该基因是一个花粉发育早期表达花药特异基因,并且,通过对该基因的干扰沉默,制备了花粉活力降低的材料。通过对该材料的改进与优化可进一步创制出辣椒雄性不育材料,对辣椒新品种的选育有重要价值。