Disclosed is a surgical navigation system for tracking an instrument relative to a patient. The system can track a portion of the patient, an instrument, and/or both relative to image data, a coordinate system, an atlas, a morphed atlas, or combinations thereof. The system can include a tracking device on the instrument to provide six degree of freedom information regarding the location of the instrument.L'invention concerne un système de navigation chirurgicale pour le suivi d'un instrument par rapport à un patient. Le système peut suivre une partie du patient, un instrument et/ou les deux, par rapport à des données d'image, un système de coordonnées, un atlas, un atlas morphologique ou des combinaisons de ceux-ci. Le système peut comprendre un dispositif de suivi sur l'instrument pour fournir six degrés d'informations de liberté concernant la position de l'instrument.