本发明公开了用于鉴定番茄砧木品种爱好杂交种子纯度的EST‑SSR标记,EST‑SSR标记的正向引物序列如SEQ ID N0.1所示,EST‑SSR标记的反向引物序列如SEQ ID N0.2所示。利用EST‑SSR标记进行PCR扩增时,在番茄砧木品种爱好母本中扩增出一条约126bp的条带,在番茄砧木品种爱好父本中扩增出一条约132bp的条带,而在番茄砧木F1品种爱好中扩增出126/132bp的杂合条带,且条带清晰,可将番茄砧木爱好杂交种子与其母本、父本种子区分开来,快速检测出杂交种子的纯度。本发明避免了传统田间小区鉴定周期长、费时费工、占地面积大等问题,可大大缩短鉴定时间,提高鉴定准确度。