本发明涉及一种结肠靶向重组毒素及制备方法和应用,属于利用基因工程制备结肠靶向重组毒素。一种结肠靶向重组毒素,其氨基酸序列为SEQ ID No.2所示,以pET28a为表达载体,BL21(DE3)为表达宿主,构建了BL21(DE3)(pET28a‑rCCK96‑104PE38KDEL)重组工程菌株,带6聚组氨酸标签,便于纯化。利用Ni‑NTA金属螯合亲和层析柱,结合rTEV酶的特异性切割的方法,仅通过两步纯化,就获得了高活性、高纯度、无冗余序列的rCCK96‑104PE38KDEL重组蛋白,纯度在95%以上;在体外细胞实验中,纯化后的rCCK96‑104PE38KDEL重组免疫毒素能够特异性杀死高表达CCK2R的结肠癌细胞,抑制了癌细胞的增殖和扩散,对正常细胞和其它非CCK2R高表达肿瘤细胞没有杀伤作用,因此,rCCK96‑104PE38KDEL符合作为肿瘤靶向药物的条件,为治疗结肠癌提供了新的方向。