Feedstocks, obtained at least in part from a plant material that has been modified with respect to its wild type, are processed to produce useful intermediates and products, such as energy, fuels, foods or materials. For example, systems are described that can treat such feedstock materials, e.g., to reduce the recalcitrance of the feedstock, and use the treated feedstock materials to produce an intermediate or product, e.g., by saccharification and/or fermentation.その野生型について組替えられた植物原料から少なくとも部分的に得られた供給原料を、エネルギー、燃料、食品又は材料などの中間体及び生成物を製造するために処理する。例えば、システムは、そのような供給材料を、例えば、供給材料の不応性を低減するように処理することが可能であるように記載され、処理された材料を、例えば、糖化及び/又は発酵などによって、中間体又は生成物を生成するために、使用する。【選択図】図1