The present invention relates to a method for an effective separation of saponin from liquid compositions. A thin layer chromatography plate coated with the liquid composition is developed into a mixed solvent comprising nonpolar organic solvent, polar organic matter, and water, and then the outcome is developed into a strong acid aqueous solution. The separating method can remove saccharides effectively by the two times of developments, and can improve the separation ability of saponin. In addition, the method can be used for refining or detecting saponin molecules from liquid compositions containing saccharides and saponin. Also, the method can visualize the content and various sponin expressional forms of plant seeds, hence, it can be used as a marker for distinguishing wild beans in case of analyzing pylogenetic relationship.본 발명은 박층크로마토그래피를 이용하여 사포닌 및 당류를 포함하는 액상 조성물로부터 사포닌을 효과적으로 분리하는 방법에 관한 것으로서, 상기 액상 조성물이 도포된 박층크로마토그래피 플레이트를 비극성 유기용매, 극성 유기용매 및 물로 이루어진 혼합용매로 1차 전개하고, 이후 강산 수용액으로 2차 전개하는 것을 특징으로 한다.본 발명의 박층크로마토그래피를 이용한 사포닌의 분리방법은 종래의 박층크로마토그래피 방법에 비해 강산 수용액으로 박층크로마토그래피 플레이트를 다시 한번 더 전개하기 때문에 박층크로마토그래피 플레이트 상에 사포닌이 분배된 영역으로부터 당류를 효과적으로 제거할 수 있고, 사포닌의 분리능을 향상시킬 수 있다. 또한, 본 발명에 따른 박층크로마토그래피를 이용한 사포닌의 분리방법은 사포닌 및 당류를 포함하는 액상 조성물로부터 사포닌 분자들을 검출하거나 고순도로 정제하는데에 사용될 수 있다. 아울러, 본 발명의 박층크로마토그래피를 이용한 사포닌의 분리방법은 야생콩, 재배콩 또는 다년생콩을 포함하는 Glycine 속 식물 종자들의 다양한 사포닌 표현형 및 그 함량을 시각화할 수 있고, 이를 통해 Glycine속 식물 종자들 간의 유연관계(Phylogenetic Relationship)를 분석하는 경우 야생콩 종을 구분하기 위한 마커로 활용될 수 있다.