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SYSTÈME ET PROCÉDÉ D'APPEL DE VARIANT
专利权人:
NANTOMICS; LLC
发明人:
SANBORN, John, Zachary
申请号:
USUS2020/020047
公开号:
WO2020/185411A1
申请日:
2020.02.27
申请国别(地区):
US
年份:
2020
代理人:
摘要:
A locus tester or locust database has stored therein DNA or RNA sequence information for one or more loci of interest. The sequence information may include a list of k-mers in a given DNA or RNA sequence, an identification of whether each k-mer in the list of k-mers appears in a reference sequence or in a variation of the reference sequence, and a count of how many times each k-mer in the list of k-mers has been identified in sequence information for the locus of interest in question. Sequence data for the locus in question received from a data source may be broken into fragments, with each fragment containing one or more k-mers. These k-mers may be quickly compared to the list of k-mers in the locust database to determine whether the sequence data corresponds to the reference sequence or to a variation of the reference sequence.Selon l'invention, un testeur de locus ou une base de données de loci contiennent, stockées dans ceux-ci, des informations de séquence d'ADN ou d'ARN pour un ou plusieurs loci d'intérêt. Les informations de séquence peuvent contenir une liste de k-mères dans une séquence d'ADN ou d'ARN donnée, une identification indiquant si chaque k-mère dans la liste de k-mères apparaît dans une séquence de référence ou dans une variation de la séquence de référence, et un compte du nombre de fois que chaque k-mère dans la liste de k-mères a été identifié dans des informations de séquence pour le locus en question. Des données de séquence pour le locus en question reçues d'une source de données peuvent être divisées en fragments, chaque fragment contenant un ou plusieurs k-mères. Ces k-mères peuvent être rapidement comparés à la liste de k-mères dans la base de données de loci pour déterminer si les données de séquence correspondent à la séquence de référence ou à une variation de la séquence de référence.
来源网站:
中国工程科技知识中心
来源网址:
http://www.ckcest.cn/home/

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