The present invention relates to pharmaceutical compositions and methods for treating peri-implant diseases, particularly peri-implant disease characterized by the destruction of the implant supporting alveolar bone crest. Specifically, the method comprises the step of applying to a peri-implant bone that exhibits crestal resorption a pharmaceutical composition 5 comprising biocompatible bone augmentation material coated with a matrix composition that provides sustained release and site control of at least one. pharmaceutically active agent at the site of bone loss.a presente invenção refere-se a composições farmacêuticas e métodos para o tratamento das doenças de peri-implante, particularmente doença peri-implantar caracterizada pela destruição da cresta do osso alveolar que apoia o implante. especificamente, o método compreende a etapa da aplicação a um osso de peri-implante que exibe reabsorção crestal uma composição farmacêutica 5 que compreende material de aumento ósseo biocompatível revestido com uma composição de matriz que fornece liberação prolongada e com controle de local de pelo menos um agente farmaceuticamente ativo no local da perda óssea.