The present disclosure provides methods and systems for detecting nucleic acid sequences in a biological sample having a three-dimensional matrix. The present disclosure also provides methods and systems for processing a biological sample for use in nucleic acid sequence detection.La présente invention concerne des procédés et des systèmes de détection de séquences d'acide nucléique d'un échantillon biologique possédant une matrice tridimensionnelle. La présente invention concerne également des procédés et des systèmes de traitement d'un échantillon biologique destinés à être utilisés dans la détection de séquences d'acides nucléiques.