本发明属于基因工程领域,涉及一种高效降解除草剂草甘膦的抗性基因的分离、体外定向进化及功能鉴定,本发明还涉及草甘膦的抗性基因在植物除草剂草甘膦,B3S1基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,其编码的蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。通过扩增来自海洋细菌蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)的甘氨酸氧化酶编码基因(thiO),对其进行连续两轮随机突变和一轮DNA改组试验,并结合基于T7噬菌体裂解-辣根过氧物酶/邻联茴香胺酶偶联活性筛选技术,获得最终草甘膦氧化酶突变体B3S1。本发明证实了该基因的功能及在降解除草剂草甘膦抗性中应用途径。