An aquatic biofiltration system where invertebrate aquatic filtering organisms in the form of tunicates filter free-floating particulates in a water volume is disclosed. The system provides a habitat for tunicates with at least one residence device (5, 6) adapted to be arranged in a water volume, and a collection system (7) adapted to collect expelled solids from the tunicates. A biofiltration method for filtering particulates from a volume of water is also disclosed.L'invention concerne un système de biofiltration aquatique où des organismes aquatiques invertébrés de filtration sous la forme de tuniciers filtrent les matières particulaires flottant librement dans un volume d'eau. Le système fournit un habitat pour les tuniciers avec au moins un dispositif de résidence (5, 6) conçu pour être agencé dans un volume d'eau, et un système de recueil (7) conçu pour recueillir les matières solides expulsées des tuniciers. L'invention concerne également un procédé de biofiltration pour filtrer les matières particulaires d'un volume d'eau.