本发明涉及一种敲除c‑di‑AMP分解酶的重组耻垢分枝杆菌株。将耻垢分枝杆菌c‑di‑AMP降解酶基因MSMEG_2630的上下游同源臂分别连入pMSG360载体,重组质粒转化含有重组酶gp60和gp61pJV53质粒的耻垢分枝杆菌感受态细胞,筛选并获得一株敲除c‑di‑AMP分解酶的重组耻垢分枝杆菌株(rMS‑ΔCnpB),其保藏编号为:CCTCC M 2016336。rMS‑ΔCnpB菌株免疫小鼠,可调节小鼠体液和细胞免疫应答,尤其是感染结核分枝杆菌后的Th1型细胞免疫应答,并提高机体抗分枝杆菌感染的保护力,因而可用于预防和/或治疗结核病的疫苗及制剂的研制,具有比较好的应用前景。