The present invention relates to a smart farm operating system using a hydrogen fuel cell, which collects carbon dioxide generated in a reformer for filtering hydrogen for a hydrogen fuel cell and supplies it for the growth of crops inside the smart farm. By constructing the water and heat to be used as water supply and heating of the smart farm, it is possible to utilize the result generated through the fuel cell system as a resource for maintaining the proper indoor environment of the smart farm, thereby preventing environmental pollution. Of course, it is characterized by being able to grow crops efficiently through a simple structure.본 발명은 수소연료전지를 이용한 스마트팜 운영 시스템에 관한 것으로서, 수소연료전지용 수소를 걸러내기 위한 개질기에서 발생되는 이산화탄소를 포집하여 스마트팜 내부의 작물 생육을 위해 공급하며, 수소연료전지에서 전기 발생시 발생되는 물과 열기를 스마트팜의 수분공급과 난방으로 사용하도록 구성함으로써, 연료전지 시스템을 통해 발생되는 결과물을 스마트팜의 적정 실내 환경을 유지하기 위한 자원으로 활용하는 것이 가능하게 되므로, 환경 오염을 방지하는 것은 물론, 간단한 구조를 통해 효율적으로 작물을 생육할 수 있는 것이 특징이다.