The present invention relates to a recombinant immunotoxin targeting HER2 and a pharmaceutical composition for preventing or treating cancer comprising the same, and more specifically, encoding a base sequence and a toxin encoding an antibody or fragment thereof specifically binding to HER2 A nucleic acid molecule comprising a nucleotide sequence, a recombinant expression vector containing the nucleic acid molecule, a host cell transformed with the recombinant expression vector, a method for producing a recombinant immunotoxin using the recombinant expression vector, and killing cancer cells expressing HER2 The present invention relates to a pharmaceutical composition for preventing or treating cancer for expressing a recombinant immunotoxin and a HER2 containing the recombinant immunotoxin.본 발명은 HER2를 표적화하는 재조합 면역독소 및 이를 포함하는 암 예방 또는 치료용 약학 조성물에 관한 것으로, 보다 상세하게는 HER2에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 단편을 코딩하는 염기서열과 독소를 코딩하는 염기서열을 포함하는 핵산 분자, 상기 핵산 분자를 포함하는 재조합 발현 벡터, 상기 재조합 발현 벡터로 형질전환된 숙주세포, 상기 재조합 발현 벡터를 이용한 재조합 면역독소의 생산방법, HER2를 발현하는 암세포를 사멸시키기 위한 재조합 면역독소 및 상기 재조합 면역독소를 포함하는 HER2를 발현하는 암의 예방 또는 치료용 약학 조성물에 관한 것이다.