The invention provides adeno-associated virus (AAV) replication (Rep) sequences. In one embodiment, the invention provides nucleotide sequences encoding a chimeric protein, wherein the encoded chimeric protein contains a wild type AAV Rep inhibitory amino acid sequence, and wherein the nucleotide sequences contain a scrambled and/or deoptimized polynucleotide sequence encoding the wild type AAV Rep inhibitory amino acid sequence. The invention provides vectors, cells, and viruses containing the inventions sequences. Also provided are methods for detecting portions of the AAV Rep inhibitory amino acid sequence, which reduce replication and/or infection and/or productive infection by viruses. The inventions compositions and methods are useful for site-specific integration and/or expression of heterologous sequences by recombinant adeno-associated virus (rAAV) vectors and by rAAV virus particles, such as hybrid viruses (e.g., Ad-AAV) comprising such vectors. The inventions compositions and methods find application in, for example, gene therapy and/or vaccines.Linvention concerne des séquences de réplication (Rep) de virus adéno-associé (AAV). Dans un mode de réalisation, linvention concerne des séquences nucléotidiques codant pour une protéine chimérique, la protéine chimérique codée contenant une séquence dacides aminés inhibitrice de Rep dAAV de type sauvage, et les séquences nucléotidiques contenant une séquence polynucléotidique brouillée et/ou désoptimisée codant pour la séquence dacides aminés inhibitrice de Rep dAAV de type sauvage. Linvention concerne des vecteurs, des cellules, et des virus contenant les séquences de linvention. La présente invention concerne en outre des procédés pour détecter des parties de la séquence dacides aminés inhibitrice de Rep dAAV, qui réduisent la réplication et/ou linfection et/ou linfection productive par des virus. Les compositions et les procédés de linvention sont utiles pour lintégration et/ou lexpression à un site spécifiqu
