本发明公开了一个水稻叶色控制基因LYL1编码的蛋白质,该蛋白质具有SEQ ID No:3所示的氨基酸序列。本发明还同时公开了一种水稻叶色控制基因LYL1,该基因具有SEQ ID No:1和2所示的核苷酸序列。LYL1编码一个双牻牛儿基还原酶,该基因的突变导致水稻叶色从正常的绿色变成黄色。本发明还同时公开了一种载体,为含有上述基因的植物表达载体;植物表达载体例如为pCAMBIA1301-LYL1。本发明还同时公开了一种宿主细胞,其为含有上述载体的细胞;细胞例如为大肠杆菌、农杆菌细胞或植物细胞。利用本发明lyl1-1突变基因控制的黄叶性状可以作为遗传标记用于农业生产中的品种鉴定以及水稻遗传育种。