The present invention encompasses engineered meganucleases which recognize and cleave a recognition sequence within an open reading frame (ORF) of the genome of at least two genotypes of the Hepatitis B virus (HBV). The present invention also encompasses methods of using such engineered meganucleases in a pharmaceutical composition and in methods for treating or reducing the symptoms of a HBV infection, or treating hepatocellular carcinoma (HCC). Further, the invention encompasses pharmaceutical compositions comprising engineered meganuclease proteins, nucleic acids encoding engineered meganucleases, and the use of such compositions for treating HBV infections or HCC.La presente invención abarca meganucleasas manipuladas que reconocen y escinden una secuencia de reconocimiento dentro de un marco de lectura abierto (ORE) del genoma de al menos dos genotipos del virus de la hepatitis B (VHB). La presente invención también abarca métodos para usar tales meganucleasas manipuladas en una composición farmacéutica y en métodos para tratar o reducir los síntomas de una infección por VHB, o para tratar el carcinoma hepatocelular (CHC). Además, la invención abarca composiciones farmacéuticas que comprenden proteínas de meganucleasa manipuladas, ácidos nucleicos que codifican meganucleasas manipuladas y el uso de tales composiciones para tratar infecciones por VHB o CHC.