本发明提供了一种水稻种子耐贮藏基因sd1及其分子标记和应用。本发明提供的能增强水稻种子耐贮藏性sd1的等位基因核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,编码蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明通过构建ZS97背景的SD1的NIP与ZS97近等基因系,证明了ZS97中无功能的半矮秆突变体基因sd1蛋白提前终止会增加种子耐贮藏性和调控种子抗氧化性。本发明利用Crispr技术诱导正常水稻品种中半矮秆基因SD1功能丧失突变体植株,使蛋白提前终止,发现SD1突变体增强种子耐贮藏性,证实了该基因具有重要的应用价值。该发明为利用sd1基因进行水稻种子耐贮藏性改良育种提供了新的路径。