本发明公开了与水牛产奶性状相关的SNP标记及其应用。所述SNP标记位于水牛LPAAT基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,其中在SEQ ID NO:1的第886bp、1471bp、2472bp、2813bp、3393bp和5540bp处的G886-A886、T1471-A1471、A2472-G2472、T2813-C2813、C3393-T3393和C5540-T5540的碱基突变,均与水牛产奶量显著相关(p<0.05);第1386bp处的A1386-G1386的碱基突变则与水牛产奶量极显著相关(p<0.01)。本发明为水牛产奶性状的标记辅助选择提供了科学依据。