本发明提供了病原真菌中控制分生孢子产生的一个新基因MgCON3。该基因及其cDNA、编码的蛋白质和启动子分别具有序列表中SEQ ID №:1、№:2、№:3和№:4的核苷酸或氨基酸序列。MGCON3蛋白在其它真菌如小麦赤霉病菌、棉花枯萎病菌、小麦颖枯病菌、玉米黑粉病、棉病囊菌中均具有氨基酸序列一致性在40%以上的同源蛋白。MgCON3基因的敲除导致梨孢菌产生的分生孢子量为野生型菌株的1/800至1/1000,同时减弱对水稻叶片的侵染能力。MgCON3及其相似基因在上述真菌中的表达、转录物的剪切以及它们编码蛋白的表达、修饰与剪切可作为重要候选靶标,用于设计和筛选抗真菌的新型药剂。