Freeze dried nests and methods of using them are described herein. In various embodiments, the lyophilization nest is configured to support one or more containers each supporting one or more substances within the interior space of the lyophilization nest. The interior space may be in fluid communication with the exterior of the freeze drying nest through one or more vent holes extending through the surface of the freeze drying nest. Each of the one or more vent holes has a corresponding sealing element configured to selectively form an airtight seal within the vent hole, so that a controlled environment can be maintained within the interior space when the ambient conditions surrounding the freeze drying nest are not freeze drying conditions. One or more of the sealing elements can be operated while the freeze drying nest is placed within the sealed freeze dryer by depressing the sealing element into a corresponding vent hole to form an airtight seal.동결 건조 네스트 및 이를 사용하는 방법이 본원에 기재된다. 다양한 실시예에서, 동결 건조 네스트는 동결 건조 네스트의 내부 공간 내에 하나 이상의 물질을 각각 지지하는 하나 이상의 용기를 지지하도록 구성된다. 내부 공간은 동결 건조 네스트의 표면을 통해 연장되는 하나 이상의 벤트 구멍을 통해 동결 건조 네스트의 외부와 유체 연통될 수 있다. 하나 이상의 벤트 구멍 각각은 벤트 구멍 내에 기밀 밀봉을 선택적으로 형성하도록 구성된 대응 밀봉 요소를 가지므로, 동결 건조 네스트를 둘러싼 주위 조건이 동결 건조 조건이 아닐 때 내부 공간 내에 제어된 환경이 유지될 수 있다. 하나 이상의 밀봉 요소는 기밀 밀봉을 형성하도록 밀봉 요소를 대응하는 벤트 구멍 내로 함몰함으로써 동결 건조 네스트가 밀봉된 동결 건조기 내에 배치되는 동안 작동될 수 있다.