本发明公开了一种鳗鲡嗜水气单胞菌和迟钝爱德华氏菌二联重组蛋白及其制备方法。本发明的二联重组蛋白包括连接在一起的嗜水气单胞菌II型孔蛋白膜外部分和迟钝爱德华氏菌ompS2膜外部分,其氨基酸序列如SEQ ID NO1所示。本发明将嗜水气单胞菌的II形孔蛋白膜外部分和迟钝爱德华氏菌ompS2膜外部分通过基因工程手段连接在一起构建二联重组蛋白,该蛋白免疫鳗鲡后,能同时防御嗜水气单胞菌和迟钝爱德华氏菌的感染,相比单种外膜蛋白的免疫具有更好的免疫效果;本发明的二联重组蛋白仅需对鱼体进行一次注射,即可获得对多种病原菌的免疫效果,减少了对鱼体的伤害,简化了免疫步骤;本发明的二联重组蛋白的制备方法适合工业化生产。