Methods and systems are provided herein for aligning a manipulator assembly that is independently positionable with a manipulator assembly. In one embodiment, the method includes attaching a mating device to a particular location on the operating table, attaching the manipulator arm of the manipulator assembly to the mating device, and applying a joint state sensor indicative mark from the manipulator to the manipulator assembly Position and / or orientation of the object. In another embodiment, a method for registration includes tracking one or more optical markers or radio markers with a sensor coupled to the manipulator assembly to determine a spatial relationship between the operating table and the manipulator assembly.머니퓰레이터 조립체와 독립적으로 배치가능한 수술대를 합치시키는 방법 및 시스템이 본 명세서에 제공된다. 하나의 실시형태에서, 상기 방법은 수술대의 특정 장소에 합치 장치를 부착시키는 것과 머니퓰레이터 조립체의 머니퓰레이터 아암을 합치 장치에 부착시키는 것과 머니퓰레이터 아암으로부터 조인트 상태 센서 지시 눈금값을 이용하여 머니퓰레이터 조립체에 대한 수술대의 위치 및/또는 방향을 결정하는 것을 포함하고 있다. 다른 실시형태에서는, 합치를 위한 방법이 수술대와 머니퓰레이터 조립체 사이의 공간 관계를 결정하기 위해서 머니퓰레이터 조립체에 결합된 센서로 하나 이상의 광 마커 또는 라디오 마커를 추적하는 것을 포함하고 있다.