Embodiments of the method and system for microbial pharmacogenomics may include a sample processing system configured to collect containers including biological samples from a group of users, a processing system including a sequencing system configured to determine the sequences of microorganisms from biological samples； a microbiome characterization system configured to determine microbiome pharmacogenomics data based on sequences of microorganisms, collect additional data related to an antibiotic-related condition for a group of users, and convert additional data and characteristics extracted from microbiome pharmacogenomics data into a characterization model associated with the associated with an antibiotic condition； and a treatment system capable of offering a user treatment of an antibiotic-related condition based on a characteristic of a user's biological material using a characteristic model for an antibiotic-related condition.Варианты осуществления способа и системы для микробиальной фармакогеномики могут включать в себя систему обработки образцов, выполненную с возможностью сбора контейнеров, включающих биологические образцы от группы пользователей, систему обработки, включающую в себя систему секвенирования, выполненную с возможностью определения последовательностей микроорганизмов из биологических образцов； систему характеристики микробиома, выполненную с возможностью определять данные фармакогеномики микробиома на основе последовательностей микроорганизмов, собирать дополнительные данные, связанные со связанным с антибиотиками состоянием для группы пользователей, и преобразовывать дополнительные данные и характеристики, извлеченные из данных фармакогеномики микробиома, в модель характеристики, связанную со связанным с антибиотиками состоянием； и систему лечения, способную предлагать пользователю лечение связанного с антибиотиками состояния на основе характеристики биологического материала пользователя с помощью модели характеристики в отношении связанно
