To provide a medical image processing device that can automatically track a marker being kept in a patient's body from a transparent image of a patient receiving radiation in the radiation therapy, and provide a therapy system and a medical image processing program.SOLUTION: A medical image processing device of one embodiment has a first image acquisition unit and a tracking unit. The first image acquisition unit acquires a transparent image of a patient as a first image. The tracking unit tracks a subject photographed in the first image, based on a first feature being common to subject's images being multiple images of the subject obtained by observing the subject being kept in a patient's body from multiple directions.SELECTED DRAWING: Figure 2【課題】放射線治療において放射線を照射中の患者の透視画像から、患者の体内に留置しておいたマーカーを自動で追跡することができる医用画像処理装置、治療システム、および医用画像処理プログラムを提供することである。【解決手段】実施形態の医用画像処理装置は、第1画像取得部と追跡部とを持つ。第1画像取得部は、患者の透視画像を第1画像として取得する。追跡部は、前記患者の体内に留置された被写体を複数の方向から観察して得られる複数の前記被写体の像である被写体像に共通する第1特徴に基づいて、前記第1画像に撮影された前記被写体を追跡する。【選択図】図2