본 발명에서는 바실러스 서브틸리스 균주로 제조된 청국장 코지와 라이조푸스 오리재 균주로 제조된 밀 코지로 혼합발효되어 증진된 가바(GABA) 함량을 함유하고 우수한 알파-글루코시다아제 효소 저해활성을 가져서 증진된 당뇨 개선효과를 갖는 기능성 여주된장이 제공된다. 본 발명에 따른 여주된장은 알파-글루코시다아제 저해활성이 현저히 증진되어 당뇨 완화용 식품으로서도 유용하고, 가바 함량이 증진되어 기능성 식품으로 우수하다. 또한 본 발명에 따른 여주된장은 상기와 같은 기능성에 더불어 코지를 이용한 공장식 된장이므로 품질이 일정하게 유지될 수 있어서 대량생산에 적합하다.