Methods and systems for instrument tracking and navigation are described. In one embodiment, the system may be configured to receive position sensor data from at least one position sensor that tracks an instrument located within an intraluminal network and derive a position sensor-based estimated state from the sensor data. The system may be configured to determine an integrated estimated state of the instrument based on position sensor data and at least one other type of position data. The system may be configured to determine a position transformation based on the integrated estimated state and the position sensor-based estimated state, and to output an estimated state of the instrument based on the position sensor-based estimated state adjusted with the position transformation.기구 추적 및 항행을 위한 방법 및 시스템이 설명된다. 하나의 실시예에서, 시스템은 관강내 조직망 안에 위치하는 기구를 추적하는 적어도 한 개의 위치 센서로부터 위치 센서 데이터를 수신하고 상기 센서 데이터로부터 위치 센서-기반 추정 상태를 도출하도록 구성될 수 있다. 시스템은 위치 센서 데이터 및 적어도 하나의 다른 종류의 위치 데이터를 기초하여 상기 기구의 통합 추정 상태를 결정하도록 구성될 수 있다. 시스템은 통합 추정 상태 및 위치 센서-기반 추정 상태를 기초하여 위치 변환을 결정하고 위치 변환으로 조정된 위치 센서-기반 추정 상태를 기초하여 기구의 추정 상태를 출력하도록 구성될 수 있다.