Disclosed are improved methods for the treatment or prevention of an autoimmune disease comprising administration of a modified self-vector encoding and capable of expressing a self-polypeptide that includes one or more pathogenic epitopes associated with the autoimmune disease. The improved method of the present invention includes the administration to a subject of a modified self-vector or self-vectors comprising a polynucleotide encoding a self-polypeptide. In one aspect, the method includes a modified self-vector that allows for increased expression of the self-polypeptide associated with an autoimmune disease in a host cell relative to the unmodified vector. In another, non-mutually exclusive aspect, the method includes a modified self-vector that allows for a secreted autoantigen associated with an autoimmune disease to be encoded as a non-secreted self-polypeptide.linvention concerne des méthodes améliorées de traitement ou de prévention de maladies auto-immunes. Ces méthodes consistent à administrer un auto-vecteur modifié codant pour un autopolypetide et capable dexprimer ce dernier, qui comprend un ou plusieurs épitopes pathogènes associés à la maladie auto-immune. Ainsi, la méthode améliorée de la présente invention consiste à administrer à un sujet un ou plusieurs auto-vecteurs modifiés comprenant un polynucléotide codant pour un auto-polypeptide. Selon un aspect, la méthode fait intervenir un auto-vecteur modifié qui permet une expression accrue de lauto-polypeptide associé à une maladie auto-immune dans une cellule hôte par comparaison avec le vecteur non modifié. Selon un autre aspect nexluant pas le précédent, la méthode repose sur lemploi dun auto-vecteur modifié peremttant le codage par un auto-polypeptide sécrété dun antigène sécrété associé à une maladie auto-immune.