The present invention relates to a method for diagnosing the risk of Gastrointestinal stromal tumor including a marker for diagnosing gastrointestinal stromal tumor, a step for measuring the expression level of the marker, and a step for analyzing the expression level measurement result.본 발명은 위장관 간질 종양 진단용 마커 및 상기 마커의 발현 수준을 측정하는 단계 및 상기 발현 수준 측정 결과를 분석하는 단계를 포함하는 위장관 간질 종양(Gastrointestinal stromal tumor) 위험도 진단방법에 관한 것이다.