The invention relates to an anaerobic micro-ecological system, a composition comprising an aerobically cultivated human intestinal microbiota for the treatment or prophylaxis of diseases, and wherein the microbiota in the composition have not been exposed to antibiotics used after 1995. The present invention further relates to the use of the composition for the prevention and treatment of disease and a method for preparing the composition.Linvention concerne un système microécologique anaérobie, une composition comprenant un microbiote intestinal humain cultivé en conditions anaérobie et destiné à traiter ou à prévenir des pathologies, le microbiote de la composition nayant pas été exposé à des antibiotiques utilisés après 1995. Linvention concerne en outre lutilisation de cette composition pour prévenir et traiter une pathologie, et un procédé de préparation de ladite composition.