本发明公开了一种检测茶树次生代谢相关基因表达信息的cDNA芯片,它以茶树次生代谢相关基因的cDNA片段作为探针,由84条在GenBank登录的探针序列、5条序列表中SEQ ID No.1~SEQ ID No.5所示茶树看家基因序列、8个和已知基因均没有相似性的酵母基因间序列及1个空白点样液组成,每个探针设置3个重复。本发明不仅可用于批量检测不同茶树品种中茶树次生代谢相关基因的表达情况,从而筛选出表现优异的茶树品种,起到辅助育种的作用,还可用于构建特异茶树品种不同生长阶段、不同组织器官乃至特异细胞中的基因表达谱。应用该芯片可实现次生代谢相关基因的高通量检测,且操作方便、安全,检测结果可靠有效,可节省大量时间、人力、物力和财力,具有广阔的应用前景。