本发明公开了一种血鹦鹉EST微卫星标记的特异性引物及其应用,该特异性引物包括的6对引物序列分别为,SEQ ID NO1至SEQ ID NO12,上述血鹦鹉EST微卫星标记的特异性引物的应用为,利用上述所得到的特异引物对血鹦鹉DNA进行扩增,检测其多态性,选择PIC>0.25引物对应的位点做为筛选出的血鹦鹉EST微卫星标记,将筛选出的血鹦鹉EST微卫星标记用于血鹦鹉种群的遗传多样性分析、遗传结构检测、种质资源调查、家系鉴定、遗传图谱构建、功能基因研究及血鹦鹉分子标记辅助育种。本发明公开了一种血鹦鹉EST微卫星标记的特异性引物,为利用血鹦鹉微卫星分子标记进行种质资源调查、群体遗传结构分析及经济性状分子机制的研究奠定了理论基础。