Provided herein are methods of identifying genomic regions that predict the outcome of treatment with cell therapy and/or the phenotype or function of the cell. In some embodiments, the method relates to a method for producing engineered cells for cell therapy and/or predicting a response to cell therapy (eg, engineered cells for cell therapy), Including epigenetic and/or epigenomic analysis of the cells. In some embodiments, the method comprises epigenetic of one or more gene regions, such as chromatin accessibility, nucleosome occupancy, histone modification, spatial chromosomal conformation, transcription factor occupancy, and/or DNA methylation. It includes the steps of assessing, characterizing, and analyzing changes or changes in characteristics. In some embodiments, epigenetic and/or epigenomic analysis comprises determining epigenetic properties of cells (eg, engineered cells for cell therapy).本明細書では、細胞療法による治療の転帰および/または該細胞の表現型もしくは機能を予測するゲノム領域を同定する方法が提供される。いくつかの態様では、該方法は、細胞療法用の操作細胞を作製するための方法および/または細胞療法（例えば、細胞療法用の操作細胞）に対する応答を予測するための方法に関連して、該細胞のエピジェネティックおよび/またはエピジェノミック解析を含む。いくつかの態様では、該方法は、クロマチンアクセシビリティ、ヌクレオソーム占有率、ヒストン修飾、空間的染色体コンフォメーション、転写因子占有率、および/またはDNAメチル化などの、1つまたは複数の遺伝子領域のエピジェネティック特性の変化または変更を評価し、特徴付けし、かつ解析する工程を含む。いくつかの態様では、エピジェネティックおよび/またはエピジェノミック解析は、細胞（例えば、細胞療法用の操作細胞）のエピジェネティック特性を決定することを含む。
