本发明属于生物技术领域,涉及一种重组质粒及其制备的嗜水气单胞菌胞外蛋白酶重组蛋白亚单位疫苗。重组质粒pET32a-epr2-3,该重组质粒以pET32a为出发质粒,其Kpn I和EcoRI酶切位点之间插入嗜水气单胞菌的epr3基因,EcoR I and Sal I酶切位点间插入嗜水气单胞菌的epr2基因。所述的嗜水气单胞菌胞外蛋白酶重组蛋白亚单位疫苗包含将转染重组质粒pET32a-epr2-3的大肠杆菌进行诱导表达所获得的重组蛋白epr2-3与佐剂。实验证明该亚单位疫苗具有较高的安全性,生产工艺简单,保存和运输条件要求不高,并且能够刺激机体全方面的免疫应答,具有广泛的开发和应用前景。